این جریان فکری و فرهنگی، از ویژگی‏ها و شاخصه‏هایی برخوردار است که آن را از سایر جریان‏های فکری مجزا می‏کند، به طور اختصار این شاخصه‏ها عبارتند از:

1.        اصل خدا محوری؛ یعنی اعتقاد به این واقعیت که، همانطور که خدا جویی و خدا پرستی به عنوان یکی از گرایش‏های فطری مطرح است، خدا شناسی فطری نیز به دو صورت شناخت «حضوری» و«حصولی» قابل طرح است به عبارت دیگر، شناخت فطری خدا هم از طریق دل و هم از طریق ذهن قابل تحقق است.

2.        رئالیسم معرفتی؛ رئالیسم معرفتی یا واقع گرایی معرفت شناختی، دیدگاهی است که براساس آن، جهان به طور مستقل از ذهن انسان، وجود دارد و انسان از راه ادراک می‏تواند کیفیات و اشیائی را که جزئی از این جهان هستند درک کند نقطه مقابل این دیدگاه ایده آلیسم است.

3.           عقلانیت مستقل؛ مؤلفه دیگر این جریان، عقلانیت مستقل است یعنی عقل در دو بعد نظری و عملی، به طور مستقل «بدیهات» را درک می‏کند.

4.        جامعیت اسلام؛ عقلانیت اسلامی بر این باور است که دین اسلام جامعیت داشته و در عرصه‏های گوناگون زندگی بشر حضور دارد، با وجود این، به عقل و تجربه بها می‏دهد.

5.        توجه به میراث گذشته اسلامی و شیعی؛ این جریان، برای میراث گذشته اسلامی مانند «فقه جواهری» و «حکمت صدرایی» یا «کلام خواجه نصیر الدین طوسی» یا «عرفان ابن عربی» ارزش خاصی قائل است ولی در عین حال از نقد و بازسازی این آثار نیز فاصله نمی‏گیرد.

6.        دغدغه دین و مدرنیته؛ جریان عقلانیت اسلامی، دغدغه کشف نسبت دین و مدرنیته یا ما و غرب را دارد و از این جهت در برابر جریان‏هایی همچون جریان سنتی و سلفی قرار می‏گیرد که چنین دغدغه ای را ندارند.

7.        منطق فهم دین؛ ویژگی دیگر جریان عقلانیت اسلامی، اعتقاد به دین اسلام با بهره گیری از قرآن و سنت پیامبر اعظم(ص) و اهل بیت(ع) با پرهیز از تفسیر به رأی و تفسیر التقاطی است. در اصطلاح فرهنگ تخصصی دینی، روش بکارگیری این منطق را «اجتهاد» می‏نامند.

8.        توسعه کوثری در برابر توسعه تکاثری؛ یعنی اعتقاد به یک مدل بومی از توسعه که در عین ایجاد پیشرفت و آبادانی جوامع اسلامی، بر عدالت و معنویت نیز تأکید می‏کند.